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可是为什么这个时钟会错得如此离谱呢？因为事实上，基因进化的速率受很多因素影响，不同生物的基因进化速率也不一样。
比如之前我们讲过，细菌本身就非常保守，它们永远都是细菌，但是真核细胞则倾向发生剧烈的改变，会造成如寒武纪大爆发之类的事件。
不过从基因的观点来看，大概没有什么事件会比形成真核细胞本身要更剧烈了，我们有理由相信真核细胞在早期进化的日子里，基因改变的速度必定非常惊人。
如果如大部分学者所想，真核细胞出现于细菌之后，那它们的基因应该与细菌差异很大，因为它们曾进化得非常快速，不断地突变、结合、复制然后再突变。
那么由于真核标志基因发展得太快，快到把它们的源头淹没在遥远的时间之雾里，已经无法再告诉我们什么。
那么另外一类基因呢？那些和细菌共有的基因呢？现在这些基因就显得有用多了，我们可以比对它们的相似性。
真核细胞和细菌共有的基因所负责的，往往都是细胞的核心程序，比如说核心代谢反应（产生能量的方式，或用来制造构成细胞的基本材料，如氨基酸和脂质等），或者是核心信息处理方式（比如读取DNA序列然后转录成有用蛋白质的方式）。
这些核心程序进化的速度往往比较缓慢，太多东西都依赖它们。
制造蛋白质程序的任何一点点改变就会改变所有的蛋白质，而不止是一两个。
同样，稍微改变一点点产生能量的方式，就可能干扰整个细胞的运作。
因为篡改核心程序比较容易受到自然选择的惩罚，所以这些基因进化缓慢，让我们可以有机会细细分析进化的痕迹。
利用这类基因建立的生命树，理论上来说应该可以显示出真核细胞与细菌之间的关联。
它们应该可以指出真核细胞来自哪些细菌，搞不好还可以告诉我们为什么。
美国的微生物学家卡尔·乌斯在20世纪70年代末首先完成了这种生命树。
乌斯选择了一个负责细胞核心信息处理的基因，具体来说，他选择的是编码核糖体的部分基因，而核糖体正是帮细胞合成蛋白质的细胞器。
因为某种技术上的原因，乌斯并没有直接比对这个基因，而是用了这个基因转录出来的RNA序列（叫作核糖体RNA或rRNA），一被转录出来就会马上嵌进核糖体。
乌斯从许多细菌和真核细胞中把这些rRNA分离出来，判读它们的序列，然后互相比对建立起一棵树。
实验的结果非常惊人，直接挑战了传统学界对于生命分类方式的看法。
乌斯发现，我们地球上的所有生命可以大致分为三大类，或者称为三域（见图4.3）。
如大家所预期的，第一大类就是细菌（属于细菌域），而第二大类是真核细胞（真核生物域）。
但是剩下的第三大类，如今称为古细菌的（属于古菌域），不知从哪里冒出来登上世界舞台。
虽然距离人类发现少量的古细菌已过去近一个世纪，但在乌斯提出他的生命树模型之前，古细菌一直被认为只是属于细菌的一个小分支而已。
但在乌斯看来，这些古细菌和真核细胞一样重要，尽管在外形上它们看起来和细菌一模一样。
它们体积极小，通常外围都有细胞壁，缺乏细胞核，细胞质里面也一样乏善可陈。
同时古细菌从来就不会聚集成结构复杂的菌落，你绝不可能把它们和多细胞生物搞混。
对很多人来说，抬高古细菌的身价，等同于藐视我们所属的生命世界，等于把植物、动物、真菌、藻类和原虫等各式各样的生物挤到无足轻重的角落去，而让原核生物占据生命树的大部分位置，如此重组世界未免太过鲁莽。
这等于乌斯要我们相信，动物和植物之间的种种明显差异，相较于细菌与古细菌中间那道看不见的鸿沟，其实轻如鸿毛。
该主张激怒了当时许多德高望重的生物学家，比如恩斯特·迈尔和琳恩·马古利斯等人。
多年后《科学》杂志回顾了这场激烈交锋，写文评价乌斯是“微生物界的疤面革命先锋”
。
图4.3 由rRNA为基础绘制的生命树。
乌斯根据它将生命分成三大域：细菌域、古菌域与真核细胞（真核生物域）。
如今风暴过去之后，大部分的科学家都渐渐接受了乌斯的生命树，或者至少认可了古细菌的重要性。
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