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不过就算在正常工作的情况下，细胞也要依照细胞的能量需求来微调呼吸作用。
艾伦想法中关键的一点就是，用这种微调方式供应能量，细胞需要不间断地做出反应，而这只能通过区域性的基因调节才能做到。
就好像战场上把军队调出去之后，就不再由中央政府遥控指挥。
同理，细胞核也不适合去指挥细胞中数百个线粒体该工作快点或慢点。
艾伦的想法未经证实，不过有人正在寻找相关证据。
如果他是对的，那将有助于解释真核细胞的进化。
如果真核细胞真的需要遍布四处的基因来控制呼吸作用，那就是说大而复杂的细胞无法自行调节呼吸作用。
现在来想想细菌和古细菌会面临的选择压力，它们两者产生ATP的方式和线粒体一样，也是利用一道薄膜产生电压。
不过原核细胞只能利用细胞外膜，可以看作它们是利用皮肤在呼吸，这就限制了细胞的尺寸。
为什么会限制尺寸？我们可以用削马铃薯皮作为例子。
如果要获得一吨重的马铃薯肉，你一定会挑最大的来削，因为这样才能削最少的皮就得到最多的马铃薯肉。
相反，削小号马铃薯则会削出一大堆皮。
细菌就像马铃薯一样，它们用皮肤呼吸，长得越大相对皮肤越少，就越难呼吸。
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原则上，细菌可以借由向内延伸产生能源的膜来解决呼吸不足的问题，而在某种程度上它们确实这样做了。
如同我们前面提过，有些细菌带有内膜，让它们外表看起来像真核细胞。
然而细菌没有继续发展下去，就算是一般的真核细胞用来产生能量的内膜，比起最厉害的细菌也要好上几百倍。
这如同所有其他的细胞特质一样，细菌有往真核细胞的方向发展的趋势，但是很快就停滞了。
为什么呢？我猜这是因为细菌无法控制更大范围的内膜呼吸作用。
要这么做的话细菌必须分出好几组基因，如同放在线粒体里的基因一样，这绝对不是件简单的事。
所有细菌面临自然选择压力采取的策略，比如快速繁殖、丢掉大部分基因只保留最基本的，都不允许细菌往更复杂的方向发展。
但是这些却正好是成为吞噬细胞的条件。
吞噬细胞必须够大才能吞入其他细胞，它需要非常多能量才有办法四处移动，改变形状，吞下猎物。
问题就在这里，当细菌变得更大时，它自身消耗越大，也就越无法提供多余的能量用在四处移动与改变形状上。
我认为小型细菌很有可能因为其设置更适合快速繁殖，所以在能源竞争上处处赢过大细菌，让大细菌没有充足的时间好好发展各种所需技能，所以最终没有成为吞噬细胞。
不过“命运邂逅”
假说就完全是另外一回事了。
在此模式中两种原核细胞以互惠互利的方式和谐地生活在一起，为彼此提供所需的服务。
自然界中这样的共生关系在原核细胞群里非常常见，更像一般规律而非例外。
比较罕见的（但是仍有被报道过的）反而是一个细胞吞下另一个。
不过一旦吞进去之后，整个细胞（包含住在里面的细菌）就会一起进化。
它们仍然像以前一样各取所需，但是其他多余的功能则会渐渐消失，直到被吞入的细菌最后只为宿主细胞提供某项特定服务。
在细菌变成线粒体的例子里，提供的服务就是生产能源。
线粒体带给细胞最大的礼物，同时也是让细胞快速进化的关键，就在于它们带来早已准备好的可以制造能量的内膜，以及整套可以就地调节呼吸作用的基因。
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