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第210章 计算生物学研究 一(第3页)

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紧接著,为了解决“调控”

的问题,他又引入了“符號图”

理论。

“代谢流是物理的,但调控流是信息的。

正反馈是油门,负反馈是剎车。

如果模型里没有正负號,那就等於开车不看红绿灯。”

他给邻接矩阵赋予了正负权值:+1代表激活,-1代表抑制。

隨著最后一笔落下,原本死板的网络图,终於在数学层面具备了生物学的“保真度”

虽然过程艰难,但地基终於打好了。

……

第二阶段:动力学方程简化

地图画好了,接下来要让车跑起来——注入动力学方程。

这是系统生物学真正的“死地”

即便是当年那个集结了全球算力、试图暴力破解细胞秘密的“e-cell计划”

,最终也倒在了指数级膨胀的计算量面前。

对於大肠桿菌这种拥有几千个基因的复杂生命,传统的动力学模擬就像是在试图用算盘计算天气预报——算力再强,也追不上混沌的脚步。

徐辰在白板上列出了米氏方程组:

v=(v???·[s])(k?+[s])

看著那密密麻麻的微分符號,一股无力感油然而生。

问题不在於方程本身,而在於参数。

“几千个反应,意味著几万个k?(米氏常数)和v???(最大反应速率)。

而实验能测出来的,只有不到1%。”

“这是典型的『欠定问题。”

这就好比让你解一个方程组,你有1000个未知数,却只有10个方程。

神仙也解不出来。

整整两天,徐辰陷在这个泥潭里动弹不得。

他试图用ai去擬合,但数据非常稀疏,根本餵不饱贪婪的神经网络。

“路走死了。”

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