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[3]乌斯坚持认为由rRNA建立的生命树，才最具权威性，因为核糖体小单元的基因（译注：核糖体是由大小两个单元组合而成），不只进化缓慢，且完全没有经过水平基因转移。
这个基因只垂直传递，也就是说，只由亲代传给子代。
然而这不全对，因为科学家还是发现某些细菌的rRNA基因会水平转移，比如淋球菌。
这种现象在进化过程中有多频繁，那又是另一个问题了。
要知道答案，也唯有利用其他更精确而“一致不变”
的基因来绘制别株生命树来比较。
[4]这是分子版本的关于身份认同的老掉牙的哲学问题：如果我们全身上下所有的部分都被换掉，只保留一小部分负责记忆的大脑，那还能保有对“自我”
的认同吗？又如果我们的记忆被移植到别人身上，那他们会自认为是“我”
吗？细胞就像一个人，也是由许多部分组成的整体。
[5]在进化中，当然两者都会发生，而且它们也并不互斥。
其实这个问题可以简化成，你用世代交替的眼光还是用亘久的地质时间来测量改变的速度。
大部分的突变都是有害的，所以会被自然进化剔除，因此只剩大同小异的东西会被留下来，除非环境发生变化（比如说，大灭绝）才会改变现况。
从地质时间的眼光来看，这些改变可以非常快速，但是在基因层级上调节它们的过程却一模一样，而且从世代交替的角度来看，一代一代的变化仍然十分缓慢。
其实灾难比较重要还是渐进的改变比较重要，有很大一部分取决于研究者的性格──看他是不是个激进革命者。
[6]生化学家马丁与米克洛斯·缪勒一起提出了“氢气假说”
来解释这种关系。
他们认为可能是一种依赖氢气与二氧化碳而生存的古细菌，与另一种可以用呼吸作用或发酵作用产生氢气与二氧化碳的细菌（依环境决定呼吸还是发酵），两者间建立某种协作关系。
根据他们的假设，这个多才多艺的细菌可以利用古细菌代谢出来的甲烷废料。
关于这个理论，我不打算在这里多做讨论，因为在我的另一本书《能量、性、死亡》里已经花了些许篇幅阐述。
在本章随后几页中所提到的想法，在那本书中也都有详述。
[7]体积越大，表面积对体积的比例就越小，因为面积以平方增加，而体积以立方增加。
长度变成两倍则表面积会变成4倍（2×2=4），但是体积会变成8倍（2×2×2=8）。
这会造成的结果就是细菌长得越大，能源效率就越差，因为用来产生能源的膜面积比起细胞增加的体积来说会变小。
[8]我曾经在全世界巡回演讲提倡该主张，到目前为止都还没有遇到可以驳倒我的反证。
所有批评里最强力的反驳，应该是卡瓦利埃-史密斯提出的，他指出现在仍有少数真核细胞可以不需要线粒体进行吞噬作用。
但是我不认为这些吞噬细胞的存在可以否决该理论，因为最强的自然进化压力对那些只靠外膜呼吸的原核细胞不利。
反过来说一旦吞噬细胞出现，它更可能在各种不同的情况下削弱自己的能力，这种过程称为还原式进化，在寄生虫身上非常常见。
让一个进化完全的吞噬细胞在特定情况下丢掉线粒体变得像寄生虫一样，比起让一个原核细胞在没有线粒体的帮助下进化成吞噬细胞，前者应该容易多了。
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