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显然主龙类动物是在变成鸟类的路上进化出热血的。
但问题是什么时候？又是为什么？包括恐龙吗？
这些问题让情况变得十分复杂而且很多时候充满矛盾。
和恐龙一样，许多科学家也对鸟类持有各种情绪化的观点，很多时候都不像科学。
以前鸟类一直被认为是某种恐龙的亲戚，特别是和一群称为兽脚类的恐龙关系密切（霸王龙就是兽脚类恐龙），在20世纪80年代经过系统性的解剖学研究后（也就是分支学研究），甚至直接将鸟类归类到兽脚类恐龙下面。
那次研究的结论是鸟类不只和恐龙关系密切，它们根本就是恐龙，精确地来说是会飞的兽脚类恐龙。
虽然大部分的科学家都同意该观点，但是有一小群以古生物学家阿兰·费德西亚（任教于美国北卡罗来纳大学）为首的科学家们，坚持鸟类应该是来自兽脚类恐龙之前另一支不为人知的动物。
根据他们的观点，鸟类不是恐龙，它们自成一派，应该单独归类。
在我写本书时，这一系列研究的最新结果，碰巧也到了最精彩的阶段，不仅涉及形态分析，还进入了蛋白质层级。
在2007年，美国哈佛大学医学院的助理教授约翰·阿萨拉，发表了一篇惊人的论文。
他们找到一块特别的霸王龙骨骼，大约来自6800万年前，里面仍保有一点点胶原蛋白，这是骨骼的主要有机物质。
阿萨拉的研究团队成功地测出几块胶原蛋白的氨基酸序列，并把它们拼凑在一起，得到了霸王龙一部分的蛋白质序列。
2008年他们把这段序列拿去与哺乳类、鸟类和美洲短吻鳄相对应的蛋白序列比对。
当然这段序列很短，所以结果可能会有误差。
然而当他们面对比对结果时，却惊讶地发现，与霸王龙最亲近的现存生物，首先是温驯的鸡，紧接着是鸵鸟。
毫不意外，该结果受到各方媒体欢迎，他们马上谈论霸王龙肉排的滋味到底如何。
然而该研究更重要的意义其实应该是，胶原蛋白比对的结果大致证实了分支学的研究，也就是鸟类是一种兽脚类恐龙。
鸟类的另一个争论来源则是羽毛。
费德西亚等人一直坚持认为，鸟类的羽毛是为飞翔而进化出来的，羽毛赋予鸟类一种令人震撼的完美感。
既然羽毛是用来飞翔的，那在不会飞的兽脚类恐龙比如霸王龙身上，就不可能存有羽毛。
虽然根据费德西亚的说法，它们应该没有羽毛，但是过去10年内，在中国发现了一系列带着羽毛的恐龙的化石，像嘉年华游行般地大摇大摆走上舞台，大部分的科学家已经相信，不会飞的兽脚类恐龙，包括霸王龙的祖先，有可能长着羽毛。
反对者则认为，恐龙的羽毛是一种“假象”
，它们只是一堆压扁的胶原蛋白纤维，但这一观点总觉得像诡辩。
如果羽毛只是胶原蛋白纤维，那我们很难解释为何它通常都出现在兽脚类恐龙的一个类群身上，也就是驰龙类身上，这一类恐龙中最有名的就是受电影《侏罗纪公园》的影响而家喻户晓的伶盗龙了。
为何它们身上的羽毛，长得和同一地层中羽翼丰满的鸟类化石一模一样？不单单羽毛长得像，某些驰龙类恐龙，像小盗龙，看起来甚至可以在树枝之间滑翔，它们所依靠的就是从四肢长出的茂密羽毛（或者，更适当的词就是，翅膀）。
我很难相信这些化石中漂亮的羽毛不是羽毛，即使是费德西亚也不得不承认这一点。
至于这些在树丛间滑翔的小盗龙，是不是鸟类的起源，或者与鸟类的近亲始祖鸟之间有何关系，依然成谜。
其他那些研究羽毛胚胎发育过程的实验，也支持羽毛在兽脚类恐龙身上进化出来的时间，早于动物会飞翔的时间。
特别是羽毛和鳄鱼皮肤的胚胎发育过程关系密切。
别忘了，鳄鱼是活生生的主龙类群动物，也就是那些首先出现在三叠纪时代称霸一方的蜥蜴。
鳄鱼和恐龙（包含鸟类）大概在三叠纪中期开始分道扬镳，也就是2.3亿年前。
尽管这两种动物很早就分异了，但是鳄鱼的身上已经埋下了羽毛的种子。
即使是今天，鳄鱼和鸟类在胚胎上仍保有一模一样的皮肤层，只不过鸟类的皮肤层后来会发育出羽毛。
鳄鱼和鸟类也有一模一样的蛋白质，称为“羽毛角蛋白”
，是一种轻盈、有弹性又强韧的蛋白质。
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