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考试时，他的历史和中文考卷被阅卷教员推荐给校长傅斯年，在傅斯年的建议下，原本报考外文系的许倬云在念了一学期后转入历史系。
当时的台大历史系，汇聚了李济、沈刚伯、严耕望等一批从大陆过去的名家。
在名师指导下读完本科、硕士，又在台湾“中央研究院”
历史语言研究所工作一年后，1957年，许倬云得益于胡适的帮助，到芝加哥大学攻读博士学位。
留学美国被他视为人生转折，是“整个的突破”
。
在芝大，他师从写出《中国的诞生》的美国第一代汉学家顾立雅（HerrleeG.Creel，1905—1994）。
顾立雅给许倬云很大的自由，由着他“乱七八糟地选课”
。
20世纪中叶，正赶上美国汉学研究划时代地转向，汉学从传统东方学分支的地位中独立了出来，关注点从古代中国转向现代中国，研究方法也开始引入社会学、统计学等其他学科的方法理论。
许倬云那时住在神学院宿舍里，舍友有犹太教教士、天主教神父、不同宗派的牧师，甚至还有一两位和尚，他们晚上常在大洗澡间边淋浴边讨论各种问题，“一抬杠就没完没了”
。
因此，许倬云对宗教理论特别有兴趣，选修了著名宗教史家米尔恰·伊利亚德（MirceaEliade）的宗教课程，又选了和宗教学密切相关的社会学课程，还开始关注城市经济学。
在这个过程中，许倬云发现一些观念深藏在每一个民族、每一种文明的潜意识里，这促使他开始以更宽远的尺度衡量文明的发展，逐渐脱离以中国为中心的世界观。
那些看似“杂乱”
的选课给许倬云的博士学位论文（后出版为《中国古代社会史论：春秋战国时期的社会流动》）提供了很大的帮助，譬如他发现中古欧洲城市的出现与春秋晚期的城市出现完全合拍。
在论文中，他将《左传》中的两千多个人物排出一百多个家族谱系，根据这些人物的家世与社会背景，测量各时代社会变动的方向与幅度，做了一项系统性的分析。
20世纪60年代，许先生在芝加哥大学留影
许倬云将自己的学术思考形容为四面四角立体型，即文化系统、经济系统、社会系统、政治系统，每个系统本身又可分为几个层次，且都是动态的。
在这种立体治学体系中，文化是有生命的生物体。
在当年，学术界还没有明确的系统论。
1965年，斯坦福大学出版社以“ATransition”
为名出版了许倬云的论文，并拿这本书当作亚洲研究丛书的第一本。
这使许倬云很快在国际学界获得了一定发言权。
费正清1967年写给当时的“中央研究院”
历史语言研究所所长李济的一封信中说：“顾立雅手上有个学生，是你们史语所来的人。”
“他写的这本书已经是小经典了。”
2006年，大陆出版了许倬云论文中译版《中国古代社会史论》。
葛兆光回忆，20世纪80年代中期他就已经听说过这本书，《中国古代社会史论》和晚一些出版的《西周史》，“在我们这一代学者中很有影响”
。
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