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式无所不包的知识系统失去了赖以生存的土壤，海上探险活动为人类打开了未知世界的大门，公元1世纪时老普林尼幻想中，那个用30本书，“2万个词条”
就能分类排列的世界已成为历史。
16世纪晚期，仅仅一座博物馆的展品就占用了整整400卷目录，由馆长一人分类整理。
在传统认知中，相传可以透过事物纷繁复杂的表象捕捉相似本质的炼金大师，在层出不穷的新事物面前越发难以自圆其说。
不断涌现的新事物需要进行分门别类的全新管理和定义。
植物学的世界亟须全面整顿，随着“植物分类图表”
的出现，那些被遗忘在杂录中的植物，也获得了重见天日的机会。
包括“自然”
“手工”
和“奇迹”
（naturalia，artificialia，mirabilia）的标准三分法已无法满足日新月异的知识门类，一种全新的分类框架呼之欲出。
一些早期出现的分类方法着实令人耳目一新，以11世纪中叶的某种分类法为例，自然现象被别出心裁地归入磁力学、木乃伊、普遍概念、人类语言、天文学、光学等各类科学范畴。
就这样，收藏家们喜闻乐见的分类方法被大量应用于实践中，首批博物馆在设计中也对此进行了借鉴，将硬币、伟人勋章、地质标本、蝴蝶和畸形怪胎分别用不同陈列柜进行展示（约瑟夫二世将自己仅存的藏品悉数捐赠给了维也纳大学医学院）。
18世纪前，哈布斯堡统治者们满足于在全国范围内征集珍禽异兽，暂时由各地动物园代为保管，最后集中运送到美泉宫动物园。
而查理六世却偏爱收集硬币和勋章，去世时他的藏品数量已达数万枚之多。
其中就包括赫赫有名的“炼金师”
荣誉勋章，这枚铸造于1677年的勋章，据说是为了纪念贱金属首次被成功转化成黄金的惊世创举。
由于空间限制，查理的藏品被保存在霍夫堡皇宫利奥波德翼楼的桌球室内。
为了与自己心爱的宝贝形影不离，查理命人打造了一个书本形状的旅行展柜（Nummothek），用来陈列展示他收藏的硬币和勋章。
然而，真正将收藏艺术发扬光大的人，却是查理的女婿，玛丽亚·特蕾莎的丈夫弗朗茨·史蒂芬，正是他创建了维也纳自然历史博物馆的前身。
历史学家一直为欧洲最古老博物馆的头衔归属争论不休，而作为不争的事实，弗朗茨·史蒂芬的自然历史收藏馆或“陈列室”
在经过历久弥新的岁月沉淀后，已然成为后世博物馆效仿的模范。
那些我们在自然历史与科学研究中耳熟能详的学科门类——诸如地质学、古生物学、脊椎动物、无脊椎动物、昆虫类、史前人类等——皆由当年发源于维也纳的分类方法演变发展而来。
直到20世纪，通过陈列展示不同史前时期原始人类标本，生动展现生物进化过程的创意，在欧洲各国博物馆中屡见不鲜，而这一做法的开创者正是生活在18世纪90年代的维也纳博物馆馆长。
1748年，弗朗茨·史蒂芬从一位具有法荷血统的意大利贵族手中购得3万件矿物标本、海洋生物、珊瑚及各种蜗牛背壳，这位贵族名叫让·德·拜茹，这也构成了弗朗茨·史蒂芬自然历史收藏馆的核心藏品。
然而，弗朗茨买下的不只是拜茹的存货，还包括拜茹本人，随后他就被任命为霍夫堡宫帝国自然历史陈列室总管。
拜茹和尼古拉斯·雅克恩，后来维也纳大学的植物学教授，对瑞典生物学家林奈的分类体系进行补充，在其中加入了美洲植物类属，在研究过程中，他们还沿用了林奈开创的植物命名体系，分别用两个拉丁语名称为同一种植物命名。
雅克恩在西欧、加勒比地区和委内瑞拉探险途中发现的水果被源源不断地送入帝国自然历史陈列室，陈列室所在的房间与帝国图书馆位于霍夫堡宫的同一座翼楼之内。
除去供自然历史陈列室使用的房间外，天文仪器占用了2个房间，另外5个房间中陈列着弗朗茨·史蒂芬的硬币收藏、各种石雕以及来自埃及和亚洲的文物。
最终，弗朗茨·史蒂芬和查理六世的硬币藏品在合并后进行了统一分类。
陈列室的藏品种类日益丰富，其中还加入了在约瑟夫二世和博斯特共同策划的探险活动中捕获的鸟类和哺乳动物，尽管两位发起者并未亲自参与探险。
1795年，在经历了一次改头换面的整顿之后，博物馆有了一个新的名字：帝国皇家精密科学天文·发明·自然及动物陈列室。
自然历史博物馆（为了避免那一长串绕口令似的名字）是弗朗茨·史蒂芬引以为豪的成就。
他为这项工程倾注了大量金钱和心血。
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